ในขณะที่ดินที่มีการปนเปื้อนหรือมีคุณภาพต่ำบางส่วนเกิดจากการใช้วัตถุอันตรายทางการเกษตร ได้แก่ สารกำจัดวัชพืช สารกำจัดแมลง สารป้องกันและกำจัดโรคพืชสารควบคุมการเจริญเติบโตของพืช สารกำจัดหอย สารกำจัดไร ไส้เดือนฝอย สารกำจัดหนู และประเภทอื่น ๆ ล้วนมีผลกระทบต่อคุณภาพดิน ซึ่งในช่วงที่ผ่านมามีการศึกษาวิจัยการปนเปื้อนของดินจากการใช้วัตถุอันตรายทางการเกษตรในบางพื้นที่ อาทิ พื้นที่ปลูกข้าว ตำบลทวีวัฒนา อำเภอไทรน้อย จังหวัดนนทบุรี พบการปนเปื้อนโลหะหนักเกินค่ามาตรฐานคุณภาพดินที่กำหนดและพบการปนเปื้อนของสารกำจัดศัตรูพืชประเภทสารกำจัดแมลงและไร (ณัฐฐินันท์ คล้ายชุ่ม และคณะ, 2565) ส่วนพื้นที่ปลูกพืชผักอำเภอจอมบึง จังหวัดราชบุรี พบสารกำจัดวัชพืชตกค้างในแปลงปลูกผักชีและแปลงปลูกกะหล่ำปลี ซึ่งยังคงอยู่ในเกินเกณฑ์มาตรฐานที่กรมควบคุมมลพิษกำหนดไว้ (ปภัสรา คุณเลิศ และคณะ, 2566) และพื้นที่ตำบลโพธิ์ประทับช้าง อำเภอโพธิ์ประทับช้าง จังหวัดพิจิตร พบการปนเปื้อนแคดเมียมในดินของสวนส้มโอ ซึ่งยังคงอยู่ในเกณฑ์มาตรฐานที่กรมพัฒนาที่ดินกำหนดไว้ (ปิยะดา วชิระวงศกร และคณะ, 2565) อีกทั้ง ประเทศไทยยังคงมีการนำเข้าวัตถุอันตรายทางการเกษตรอย่างต่อเนื่อง โดย พ.ศ. 2565 พบว่า มีการนำเข้ารวม 0.114 ล้านตัน ลดลงร้อยละ 16.18 จาก พ.ศ. 2564 ที่มีการนำเข้ารวม 0.136 ล้านตัน เมื่อพิจารณาในช่วง 10 ปีที่ผ่านมา การนำเข้าวัตถุอันตรายทางการเกษตรมีแนวโน้มลดลง ซึ่งหมายถึงความต้องการใช้วัตถุอันตรายทางการเกษตรลดลงตามไปด้วย อย่างไรก็ตาม ความต้องการใช้วัตถุอันตรายทางการเกษตรยังคงมีอยู่จำนวนมาก สาเหตุหนึ่งเกิดจากการยกเลิกการใช้พาราควอตและคลอร์ไพริฟอส และมีการจำกัดการใช้ไกลโฟเซต ทำให้มีการปรับเปลี่ยนการใช้วัตถุอันตรายทางการเกษตรประเภทอื่นทดแทนมากขึ้น (กรมวิชาการเกษตร, 2566ก)